Los albores de la educación media en el municipio  se remontan hacía los años de 1.914, época en la cual se funda el colegio de "San Agustín" siendo su gestor el prebistero Marco A Tobón, quien igualmente dirigió un centro cultural: El Ateneo.

El colegio San Agustín fue refrendado desde su iniciación por el presbítero Tobón el mencionado centro educativo deja de existir en el año de 1.920.

Posteriormente el señor Indalecio Vélez Pinilla funda el colegio "Ramón Vélez Pinilla", tal colegio tiene una breve marcha hasta el año1.923.

En el 1.926 aparece el colegio "Santuario" cuyo nombre hace honor al municipio, es su tutor son Joaquín Zapata, sucedido en su labor por el  señor Manuel J. Meza; destacado santuareño en las líderes de la Educación. La mencionada institución funcionó hasta 1.932; época de crisis política y estatal del país.

Los años susiguientes son de calamidad mundial debido al terrible azote de la guerra que, obviamente repercute en el país haciéndo de paso estragos en la educación nacional y por ende municipal.

Año 1.951: Educar la juventud egresada de la escuela Marco Fidel suárrez es un requirimiento, mejor aún; es una necesidad imperiosa. El Colegio "San Juan Bosco" trata de llenar este vacío, son sus iniciadores los sacerdotes Ernesto López R. y Conrrado Villa. En un comienzo son 22 alumnos distribuidos en dos grupos: preparatorio y primero bachillerato. Es su rector Don Ramón Elías Mejía Pérez.

Tal colegio tenìa un caràcter privado y era auspiciado por la parroquia municipal; despuès del año 53 el colegio toma el caràcter de oficial, pero problemas administrativos causan su pronta desapariciòn.

Por tener la educaciòn del "Instituto Santuario" viejas raìces adheridas al San Juan Bosco, destacaremos los nombres de algunos de sus profesores y alumnos:

Entre los primeros figuran don Gildardo castaño, sacerdote Hernando Garcìa Correa, don Augusto Duque y don Pablo Novoa.

Estudiantes: Guillermo Valaencia Soto, Javier Gòmez Granada, Darìo Restrepo, Jairo y Albeiro Lòpez, Leòn Echeverri, Fulvio Palacio, Luis Carlos Lòpez, Ovidio Gòmez, Alberto Pelàez, Bernardo Gòmez, Gonzalo Aguirre, Octavio Ospina y otos.

Año 1.958: "Instituto Santuario" Colegio Oficial. Un esfuerzo colosal del pueblo santuareño; motivado por el doctor Raùl Àlvarez G. mèdico y auspiciado por el concejo local.

Figura como el primer rector don Ramòn Mejìa y entre sus colaboradores se pueden destacar a don Augusto Jaramillo, don Efraìn Silva, don Jesùs Marìa Ortiz, don Mario Osorio y don Fernando Salazar.

El Instituto Santuario fue afianzàndose màs por los pilares de entusiasmo y valor moral de sus impulsores; que por los soportes fìsicos de sus bases, las que por muchas razones y  en màs de una ocasiòn parecieron derrumbarse.

Digamos que entonces tenìa dificultades econòmicas, administrativas y locativas esbozando de esta manera las barreras las barreras de sus comienzos.

La resoluciòn 1.768 de julio de 1.961 integra al Instituto Santuario en la nòmina de los colegios oficiales del Depaertamento. En esta ocasiòn era su rector don Luis Marino Zabala quien enruta por buen camino  la educaciòn.

La resoluciòn 4508 de 1.963 aprueba finalmente los estudios del ciclo bàsico de Bachillerato.

Al señor Zabala le sucede en el cargo don Rafael Correa por breve lapso el que a su vez es sucedido por  don Efraìn Osorio Lòpez; con quien se gradùa la primera pormociòn de bachilleres en el año 1.964.